監委質疑馬政府出賣主權 蘇揆：外交部應配合查真相
監察院發出新聞稿，說監委林文程在巡察行政院時就「政府推動加入世界衛生組織與該組織大會與相關會議策略作爲之檢討」發言，並質疑馬政府時期，決策以中華臺北名義和觀察員身分參與WHA年會，涉及出賣國家主權，蘇揆迴應時指示外交部應配合監委追查真相。
林文程質疑，2002年底非典型肺炎(SARS)在廣東爆發，中國隱瞞疫情，導致疫情失控而擴散到其他國家，對不少國家造成嚴重人命和經濟損失，臺灣也因此受重創。在國際壓力下，北京無法完全封殺國際組織、國際會議邀請我國醫療衛生專家參加諮商會議，因此中國衛生部在2005年與WHO秘書處簽署關於「WHO秘書處和中國諒解備忘錄的執行」要點(MOU)。
林文程指出，中國與WHO所簽署的「秘密備忘錄」（MOU）嚴重傷害臺灣的主權和國家利益，包括規定中國臺灣(Taiwan, China)爲名稱，我國醫療公衛專家參加WHO所舉辦的技術會議及活動必須由WHO秘書處轉交中國衛生部審覈及決定是否同意，而且必須以個人的身分出席，層級要在處長以下等。因此，在前總統陳水扁時期，我國一再向WHO幹事長表達抗議，也曾透過友邦在世界衛生大會（WHA）質疑該MOU的正當性。
林文程提及，2008年國安會成立「跨部會WHO小組」，最後決策者是當時的馬英九總統。其後，我國皆以中華臺北名義和觀察員身分參與WHA年會。外界一直質疑當時政府與對岸秘密協定，接受對岸條件，甚至可能接受WHO秘書處與中國衛生部所簽署之MOU，而犧牲臺灣主權。雖然自2009年至2016年間，我國得以觀察員身分參與WHA年會，且代表團團長可獲得10分鐘發表談話的機會，但是我國沒有投票權，且非經許可不得參與討論。
林文程質疑，如果北京在臺灣參與WHO案的立場沒有鬆動，當時我國政府是否做出重大讓步，來換取北京的同意？如果當時政府確實以犧牲臺灣主權爲代價，擅自接受北京條件，不僅得不償失，出賣我國主權，也屬重大缺失，因此行政院應該深入調查政治協商的詳細情形，並追究責任。
蘇揆迴應時說，不接受傷害我國主權之MOU；爲維護國人知的權益，我們應蒐集資料，以還原事實，外交部等應全力配合監委繼續追查真相。