「六零六專案」成指揮調查局的政治工具？ 國安會否認
國家安全會議3日表示，香港《亞洲週刊》6月29日刊登的筆鋒評論「臺北整合情治，反成政爭工具」，內文指稱前總統陳水扁執政時期爲整合情治系統設立的「六零六專案」，淪爲「國安會秘書長直接下令調查局監控在野黨(的工具)」等，皆爲不實報導，國安會強力譴責。
週刊報導，「六零六專案」成立後，第一次開會在陽明山麓的「天籟溫泉」會館，國安會與國安局一級主管都到場，連同眷屬亦一併與會，席間卻成爲時任國安局長薛石民向國安會秘書長邱義仁表態的大會，同時也「正式宣告國安會將指揮權力伸入到國安局的情報運作之中。」
對於這樣的會議，因爲社會上有「假開會，真旅遊」的不佳觀感，後來改由國安會主管每年兩次赴國安局與一級主管開會，並下達「情搜指導要項」指令，一直到目前「六零六專案」還是依照這個模式進行。
週刊指出，據國安高層人士表示，在2012總統大選時，國安會秘書長直接下令調查局監控在野黨，就是情治系統指揮權出現紊亂的明證，而「六零六專案」就是讓國安系統出現危機的元兇。
對此，國安會發出新聞稿澄清說，該報導文中對國家安全會議「六零六專案」之陳述均屬不實，特此澄清。去年相關媒體作類似報導時，國安會已立即提出澄清與說明，對於週刊不實報導，實在有失公正客觀報導之立場。
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