晶型、賦形劑不同

物質在結晶時受各種因素影響，分子內或分子間鍵合方式發生改變，致使分子或原子在晶格空間排列不同，形成不同的晶體結構。同一種藥物的不同晶型，在外觀、溶解度、熔點、溶出度、生物有效性都可能有顯著不同，從而影響了藥物穩定性、生物利用度及療效。

忻凌偉指出，如果學名藥也是使用與原廠藥相同穩定度高，容易保存的晶型，學名藥與原廠藥的差異性才能降低。原廠藥與學名藥晶型的不同，將可能影響藥物的溶解度，進而影響吸收；吸收不同，療效自然也就不一樣。使用相同晶型能使原廠藥和學名藥的差異減少。

賦形劑是另一個常見的原廠藥和學名藥不同之處。賦形劑可增加藥物均勻性、穩定性與減少藥物刺激性和不良氣味，理想的賦形劑應該是無毒性、刺激性、熱原性、抗原性及溶血性且無藥理活性，不妨礙主藥療效發揮。